「労働条件通知書」と「就業規則」の内容どちらが優先する?

社員が会社に入社する際に、「労働条件通知書」を発行すると思います。これは、社員との労働契約の内容を書面に落とし込んだものであり、社員が受領し意義を申し出ることなく働き続ければ、その労働条件を同意したものと推測されます。
以前、退職後に求人内容と「労働条件通知書」の内容が違っていると、東京都労働委員会にあっせんを申し出た社員が居ましたが、労働条件通知書を受領し、意義を申し出ることなく1年以上働き続けていたこと、また、求人内容と労働条件が必ずイコールとなる訳ではなく、労働条件は採用時に労使間で自由に決めることができることから、その申出は理由が無いとして会社へのお咎めはありませんでした。
本題に移ります。労働契約を書面化した「労働条件通知書」と「就業規則」で違う内容が定められていた場合、果たしてどちらが優先するのでしょうか?
正解は、「就業規則」が優先します。一方で、「就業規則」の条件を上回る「労働条件通知書」は、「労働条件通知書」が優先します。
このことは、労働契約法第12条に定められています。
労働契約法第十二条
就業規則で定める基準に達しない労働条件を定める労働契約は、その部分については、無効とする。 この場合において、無効となった部分は、就業規則で定める基準による。
例えば、「労働条件通知書」には食事手当の記載が無いが、「就業規則」に食事手当が定められている場合、会社は食事手当を支払わなくてはなりません。
逆のケースで、例えば「労働条件通知書」の役職手当(課長職)が5万円、「就業規則」の役職手当(課長職)が3万円であった場合は、「労働条件通知書」の5万円が優先します。
ここまで法令に基づき、「就業規則」が優先すると表現してきましたが、簡単に言えば、「労働条件通知書」と「就業規則」で、労働者にとって有利な方が適用されます。